2001年9月11日事件發生後，小島秀夫差點取消《合金裝備2》，並從科樂美辭職。

在《合金裝備2》的結尾，巨大的潛水堡壘兵工廠在曼哈頓墜毀。多年來公布的一些幕後細節則表明，在「911事件」之後撞向城市的這幕場景被刪除了。

在最近接受雜誌採訪時小島表示：「遊戲主題的描述與「911事件」的眾多相似之處使得它不適合在當時發行。在諮詢了律師後，最終結果是遊戲需要修改300多處。不用說，我們當時處於危機狀態，這威脅到了遊戲的發行和銷售。」

小島說，他被科樂美董事會召集開會，向他們解釋《合金裝備2》的故事細節。「每個人的面部表情都像是在說『情況不妙』。」

當時他也認為「遊戲不應該在這個時候發布。我別無選擇，只能承擔責任，從公司辭職。」有兩個人改變了小島的想法。其中一位是時任索尼電腦娛樂公司總裁，他告訴他:「這不是你應該感到羞恥的事情。你應該繼續發行遊戲。」

小島還通過電子郵件聯繫了科樂美創始人。他回答說:「我已經下定決心了。遊戲應該發行。你是怎麼想的？」我被這句話打動了，我也下定了決心。」

雖然遊戲的發行「推遲了幾個星期」，但《合金裝備2》最終於2001年11月發行，並獲得了評論界的好評，至今仍受到粉絲的喜愛。

《合金裝備2》並不是唯一一款在「911事件」之後經歷改變的遊戲。《GTA3》改變了自由城的警車，使之不太像真正的紐約警車。《蜘蛛俠2》也被推遲，因為遊戲最後一個發生在世界貿易中心的頂部關卡將不得不改變。